เส้นทางศึกษาธรรมชาติ มีพรรณไม้ที่ควรศึกษาและหาดูได้ยาก เช่น ต้นจันทร์ผาและเอื้องผึ้งซึ่งจะผลิดอกประมาณปลายฤดูฝน ทางเดินศึกษาธรรมชาติมีอยู่หลายเส้นทางด้วยกัน คือ จะเริ่มจากเส้นทางเดินเท้าถึงถ้ำบ่อน้ำทิพย์ เส้นทางจากหน้าที่ทำการฯ ถึงจุดชมวิว และเส้นทางเดินรอบที่ทำการฯ

ถ้ำพระ เป็นถ้ำใหญ่ ลานพื้นกว้าง เนื้อที่ราว ๕๐ ตารางวา มีปล่องเพดานด้านหนึ่งซึ่งปล่อยให้ลมพัดเข้ามา และให้แสงสว่าง มีหินงอกหินย้อยงดงาม ห่างจากที่ทำการประมาณ ๒๐๐ เมตร

ถ้ำบ่อน้ำทิพย์ ภายในถ้ำเป็นห้องโถงกว้างประมาณ ๓๐ ตารางวา มีปล่องเพดานให้แสงสว่างลอดเข้ามาได้ มีหินย้อยรอบผนังถ้ำด้านหนึ่ง มีซอกเว้าลึกเป็นโพรงมีแอ่งน้ำรูปไข่ น้ำขังตลอดปี ถือเป็นน้ำศักดิ์สิทธิ์ อันเป็นสัญลักษณ์ของถ้ำนี้

ทางขึ้นถ้ำบ่อน้ำทิพย์ต้องปีนตามหน้าผาหินตลอด อยู่ห่างจากที่ทำการประมาณ ๑,๒๐๐ เมตร หน้าฝนมีน้ำในถ้ำ จะเข้าไม่ได้

ถ้ำขอน เป็นถ้ำที่มีรูปลักษณะยาวคล้ายกับท่อนซุง ด้านในมีหินงอกหินย้อยงดงาม และด้านหน้าบริเวณปากทางขึ้นถ้ำมีหน้าผาเหมาะสำหรับพักผ่อน และมองเห็นทิวทัศน์บริเวณหนองน่าน

ถ้ำเจดีย์แก้ว เป็นถ้ำขนาดเล็ก ด้านหน้าของถ้ำจะมีหินรูปร่างคล้ายเจดีย์ตั้งอยู่