อุทยานแห่งชาติทองผาภูมิเป็นพื้นที่ส่วนหนึ่งของผืนป่าตะวันตกที่คงความสมบูรณ์ตาม ธรรมชาติ สามารถจำแนกประเภทแบ่งออกได้เป็น 4 ประเภท ได้แก่
1) ป่าดิบชื้น มีพันธุ์ไม้ที่สำคัญ ได้แก่ ตะเคียน ยางขาว ยางยูง ไก่เขียว เคี่ยม กันเกรา จำปาป่า มะหาด เนียง พืชพื้นล่างมีพวก หวาย เฟิน เตย และปาล์ม
2) ป่าดิบแล้ง มีพันธุ์ไม้ที่สำคัญ ได้แก่ ยางขาว ยางแดง ตะเคียน ยมหอม จำปีป่า กระบาก มะม่วงป่า มะแฟน แดงดง มะไฟป่า สมพง พืชพื้นล่างมีพวก ปาล์ม ข่า และเฟินต่างๆ ฯลฯ
3) ป่าดิบเขา มีพันธุ์ไม้ที่สำคัญ ได้แก่ ก่อชนิดต่างๆ กำลังเสือโคร่ง มณฑาป่า พระเจ้าห้าพระองค์ กำยาน อบเชย ทะโล้ พืชพื้นล่างได้แก่ มอส เฟินต่างๆ
4) ป่าเบญจพรรณ พบมากที่สุด มีพันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ ประดู่ แดง ตะแบก เสลา ส้าน มะค่าโมง อินทนิล ตุ้มเต๋น ตะคร้อ ตะคร่ำ กระพี้เขาควาย ขะเจ๊าะ มะเกลือ กาสามปีก สมอพิเภก กระบก มะกอก พืชพื้นล่างมีพวก ไผ่ไร่ ไผ่ซาง ไผ่บง ไผ่ข้าวหลาม ไผ่รวก และพืชพวกไม้หนาม เป็นต้น
อุทยานแห่งชาติทองผาภูมิเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของสัตว์ป่าเป็นจำนวนมาก เนื่องจากป่าเป็นผืนเดียวกันกับประเทศพม่า จึงมีการย้ายถิ่นฐานไปมาอยู่เป็นประจำ และเนื่องจากไม่มีราษฎรอยู่ในพื้นที่ป่ามากนักจึงทำให้สัตว์ป่าไม่ถูกรบกวน ที่พบเห็นเป็นประจำได้แก่ ช้างป่า เลียงผา กวาง เก้ง กระจง หมูป่า หมี ลิง ค่าง บ่าง ชะนี อีเห็น ชะมด เสือปลา เสือลายเมฆ เสือโคร่ง หมีคน หมีควาย กระรอกบิน กระแต หนูหริ่ง พังพอน ค้างคาว กระต่ายป่า แมวป่า หมาไน เม่น นกเงือก นกนางแอ่น เหยี่ยว นกกระสา นกอินทรีย์ นกฮูก นกปรอด นกแขวก นกเค้าแมว นกแสก นกกระปูด นกเอี้ยง นกกางเขน นกขมิ้น นกกระทาดง นกกวัก นกขุนทอง นกแซงแซว นกหัวขวาน นกดุเหว่า อีกา ไก่ป่า ตะกวด ตุ๊กแกป่า กิ้งก่าบิน จิ้งเหลน แย้ ตะขาบ แมงป่อง กิ้งกือ ทาก ปลิง ตะพาบน้ำ กบ เขียด คางคก อึ่งอ่าง ปลาเวียน ปลาซิว ปลาก้าง ปลาช่อน ปลาไหล ปลากระทิง ปลาตะเพียน ปลาหมอ ปลาแขยง และปลาชะโด เป็นต้น
สถานที่ท่องเที่ยว
จุดชมทะเลหมอกเนินกูดดอย-เนินช้างเผือก
เขาช้างเผือก น้ำตกจ๊อกกระดิ่น ดอยต่องปะแล
น้ำตกสัตตมิตร
การนั่งห้างดูช้าง
อุทยานแห่งชาติทองผาภูมิ ได้จัดทำโครงการร่วมกับชุมชนในเขตพื้นที่ของอุทยานแห่งชาติทองผาภูมิโครงการการจัดการพื้นที่คุ้มครองอย่างมีส่วนร่วมกับ ชุมชน (นั่งห้างดูช้างป่า) เพื่อศึกษาและอนุรักษ์ทรัพยากร ทางธรรมชาติเพื่อที่จะได้ไม่เกิดปัญหาความขัดแย้งระหว่างชุมชนกับช้างป่า ที่ลงมาหาแหล่งอาหาร คือ พืชผลอาสิน ของราษฎร ที่เพาะปลูกไว้ จึงขอเชิญชวนบุคคลที่สนใจ อยากศึกษาสัมผัสบรรยากาศที่ตื่นเต้นและน่าประทับใจ ของ ฝูงช้างแม่วารี
บึงน้ำทิพย์
ตั้งอยู่ในเขตปกครองหมู่ที่ 8 (บ้านรวมใจ) อำเภอทองผาภูมิ จังหวัดกาญจนบุรี และอยู่ในเขตอุทยานแห่งชาติทองผาภูมิ เป็นบึงน้ำขนาดใหญ่กลางหุบเขา ลักษณะคล้ายปล่องภูเขาไฟ เป็นหลุมยุบขนาดใหญ่อยู่กลางหุบเขาบนเทือกเขาหินปูนบึงน้ำทิพย์มีอยู่ 2 บึงคือ บึงพ่อกับบึงแม่
บึงแม่ มีเนื้อที่ประมาณ 15 - 20 ไร่ มีน้ำขังอยู่ตลอดทั้งปี ความลึกของบึงประมาณ 15 เมตร น้ำในบึงจะใสแลดูเป็นสีเขียวมรกต ความใสของน้ำยามมองจากบนที่สูงเมื่อน้ำสะท้อนกับหน้าผาและต้นไม้จะมองเห็นใด้ชัดเจน เสมือนดังภาพวาดของจิตกรขนาดใหญ่ที่ประดับไว้กลางป่าสวยงามมาก การเดินทางข้ามบึงต้องล่องแพข้ามอย่างเดียวเพราะรอบๆบึงจะเป็นหน้าผา ไม่สามารถลัดเลาะไปได้ ใช้เวลาถ่อแพข้ามฝั่งประมาณ 20 นาที
บึงพ่อ ห่างจากบึงแม่ข้ามช่องสันเขาไปประมาณ 200เมตร จะพบกับบึงน้ำอีกแห่งหนึ่งมีเนื้อที่ประมาณ 10 15 ไร่ ขนาดจะเล็กกว่าบึงแม่ การเดินทางในช่วงของฤดูร้อนน้ำในบึงจะลดระดับลงไปจนสามารถเดินข้ามได้ รอบๆบึงจะเป็นหน้าผาและต้นไม้น้อยใหญ่ขึ้นล้อมรอบ
ทั้งสองบึงเป็นแหล่งน้ำของสัตว์ป่าที่ได้มาอาศัยกิน อีกหนึ่งของความ มหัสจรรย์ที่ธรรมชาติเสกสรรปั้นแต่งเอาไว้ประดับโลกใบนี้ ในขณะนี้ทางอุทยานแห่งชาติทองผาภูมิ ได้จัดเป็นเส้นทางศึกษาธรรมชาติระยะไกล บึงน้ำทิพย์ ต้นไม้ยักษ์ ระยะทางรวมประมาณ 10 กิโลเมตร
ต้นไม้ยักษ์
ตั้งอยู่ใน ป่าห้วยเขย่ง เขตอุทยานแห่งชาติทองผาภูมิ เป็นต้นไม้ขนาดใหญ่อยู่กลางหุบเขา เป็นต้นขมิ้นดำหรือไข่เขียว อยู่กลางหมู่ไม้ยีนต้นหลายชนิด เดิมทีมีอยู่ 2 ต้นแต่ล้มเองตามธรรมชาติไปแล้ว 1 ต้น คงเหลืออยู่เพียงต้นเดียว วัดโดยรอบประมาณ 14 เมตร มีพูพอนและกิ่งก้านที่แผ่ออกกว้าง เกิดเป็นร่มเงากินเนื้อที่กว้าง แวดล้อมไปด้วยต้นไม้นานาชนิด ที่น่าแปลกคือบริเวณป่ารอบๆต้นไม้ยักษ์จะมีทากซึ่งบ่งบอกถึงความชื้นและความสมบูรณ์ของป่าในบริเวณนี้ได้เป็นอย่างดี
น้ำตกโป่งกระดังงา
เป็นลำธารที่เกิดขึ้นจากเขาหินปูน ไหลมาเป็นน้ำตกขนาดเล็กที่มีความสวยงาม สายน้ำตกจะไหลลดหลั่นลงมาเกิดเป็นชั้นต่างๆ อีก 4 ชั้น ในแต่ละชั้นก็จะมีความสวยงามที่เป็นเอกลักษณ์เฉพาะตัว แวดล้อมไปด้วยธรรมชาติที่รมรื่น บริเวณด้านล่างของน้ำตกจะจัดทำเป็นลานกลางเต็นท์ มีระบบประปาภูเขา จัดเป็นเส้นทางศึกษาธรรมชาติเดินชมน้ำตก ได้อีกหนึ่งเส้นทาง